Visi autoklāvējamie biomedicīnas atkritumi vispirms jāievieto apstiprinātā un marķētā autoklāva maisā. Asi priekšmeti, piemēram, adatas un skalpeļi, pirms sterilizēšanas jāievieto apstiprinātā, marķētā, aso priekšmetu konteinerā ar malām. Nenovietojiet maisā asas pipetes vai saplēstu stiklu. Šie atkritumi ir jāievieto kastēs vai spaiņos un jāievieto autoklāvā vai jāsterilizē, izmantojot šķidru sterilizatoru, piemēram, 10% nātrija hipohlorītu. Biomedicīnas atkritumiem, kas jāsterilizē autoklāvā, jābūt indikatoram, kas pierāda, ka atkritumi ir autoklāvāti, pirms tos var atbrīvoties. Daudzi autoklāva maisiņi ir aprīkoti ar indikatoru, kas lasa "AUTOCLAVED", kad sterilizācijas cikls ir pabeigts. Indikatori jāuzliek uz kastēm un mucām pirms to autoklāvēšanas un ievietošanas tvertnē. Potenciāli infekciozi atkritumi jāmarķē ar uzrakstu "bioloģiski bīstami" un uz konteinera jāpiestiprina bioloģiskās bīstamības marķējums. Sterilējot nebīstamus materiālus, piemēram, pētniecībai nepieciešamos dzīvniekus, barotnes un laboratorijas aprīkojumu sterilā vidē, pietiek ar nemarķētiem parastajiem konteineriem.
Pirms palaišanas autoklāva maisā jāievieto aptuveni 50–100 ml ūdens, lai maisā veicinātu tvaika veidošanos. Ja šis ūdens dabiski atrodas kravā, nav nepieciešams pievienot papildu ūdeni. Autoklāva maisiņiem jābūt labi iesaiņotiem, lai novērstu izšļakstīšanos, ja tie notiek. Tomēr, ja lente ir ietīta pārāk cieši, maisa iekšpusē var veidoties tvaika spiediens, izraisot tā plīsumu. Nedubultojiet atkritumu maisus. Autoklāva maisi ir veidoti tā, lai tie būtu tvaiku caurlaidīgi, bet dubultmaiss neļaus tvaikam izplūst cauri maisam. Nepārpildiet maisu vai autoklāvu, jo slikta tvaika plūsma var traucēt sterilizācijas procesu. Vislabāk maisu neievietot tieši autoklāvā. Tie jānovieto uz nerūsējošā tērauda vai polipropilēna paplātēm.
Autoklāvējot šķidrumus, nepiepildiet trauku vairāk par 75%. Tas nodrošinās, ka šķidrumam, uzkarstot, ir vieta izplesties. Tā kā tvaika izmantošana, laisterilizētšķidrumi var būt problemātiski, ja iespējams, šķidro atkritumu sterilizēšanai vislabāk ir izmantot ķīmiskos līdzekļus. Ja pētnieki izvēlas izmantot tvaiku, lai sterilizētu šķidrumus, tvertnei, kurā ir šķidrums, jāspēj izturēt autoklāva apstākļus. Var izmantot borsilikāta stikla vai polipropilēna traukus. Noteikti atskrūvējiet tvertnes vāku, lai procesa laikā palielinātos spiediens. Autoklāvēšanas laikā vienmēr ievietojiet vaļīgos stikla traukus un šķidruma tvertnes sekundārajos traukos. Izņemot šķidrumu no autoklāva, valkājiet biezus, karstumizturīgus cimdus, aizsargbrilles un gumijas priekšautu. Šķidrās slodzes gadījumā autoklāva ventilācijas cikls jāiestata ļoti lēni. Tas dod šķidrumam laiku atdzist zem 100 grādiem, tāpēc tas nevārās, samazinoties spiedienam. Kad darbība ir pabeigta, lēnām atveriet durvis un atkāpieties, līdz tvaiks ir iztukšots.
